到石虎建武十四年七月,石宣石韬彼此图谋杀害对方。当时石宣来到寺庙和竺佛图澄同坐,佛塔一个铜铃独自响,竺佛图澄说,你理解铃声吗?铃说,胡子洛度。石宣脸色不好看,说,什么意思啊?竺佛图澄故意说错,老胡为道,不能山居无言,重茵美服,难道不是洛度吗?石韬来得迟,竺佛图澄仔细打量石韬很久,石韬害怕,问竺佛图澄,竺佛图澄说,你身上血腥臭,觉得奇怪,所以打量你。到八月,竺佛图澄派十个弟子在另一个房间供斋,竺佛图澄当时暂时在东阁。石虎和杜皇后来拜访竺佛图澄,竺佛图澄说,你腋下有贼,不出十天,从寺塔以西、这个殿以东,会发生流血事件,千万别向东走。杜皇后说,和尚昏头了吗?哪里有贼?竺佛图澄就改口说,六情所受,全都是贼,老了自然会昏头,只要不让年轻人忧患,寓言不会明验。过了两天,石宣果然派人在佛寺杀害了石韬,想趁石虎行丧礼时杀害石虎,石虎因为竺佛图澄的警告免遭凶杀。石宣谋杀案罪状败露后,被捉。竺佛图澄劝谏石虎说,既然是陛下的儿子,何必又杀死石宣,再生祸殃?如果陛下忍一忍,慈心不杀石宣,还能活六十多岁,你若一定要杀他,石宣将变成扫帚星,来败坏本国首都临漳的气运。石虎不听,用铁锁穿过石宣的下巴,把他牵上柴堆烧死。逮捕石宣的下属三百多人,都被肢解,尸体投入漳河。竺佛图澄就不再让弟子在别的房间供斋。
后来过了一个多月,有一匹妖马,头尾的毛都烧着了,从中阳门入,从显阳门出,东头东宫都进不去,跑向东北,过了一会儿突然不见了。竺佛图澄听说了就感叹说,灾难临近了!到十一月,石虎在太武前殿大宴群臣,竺佛图澄吟句道,殿啊殿啊,棘子成林,将坏人衣。石虎命令发掘殿石,石下面发现了成丛的棘。竺佛图澄回到寺庙,看着佛像说,惆怅恼恨啊,怎么不再庄严了呢?独自说,还有三年吗?自答,没有了。又说,还有二年一年百天一月吗?自答,没有了。就不再说话了。回到房间对弟子法祚说,戊申年祸乱将开始,己酉年石氏将灭,我趁着还没开始乱,先从化了。就派弟子去向石虎辞别说,物理必迁,身命也保不住了,贫道灾幻之身,归天之期已到,蒙皇上加恩特别重,故向您辞行。石虎悲伤地说,没听说和尚生病,却忽然说要归天?就自己从宫中出来,来安慰竺佛图澄。竺佛图澄对石虎说,出生入死,是修道的正常途径。长寿短命有定分,不是我能延长的。修道重在行为圆满,修德重在从不懈怠。如我做事和操行没有亏欠,即使去世了,也会像活着一般。违背生死定期而继续活下去,不是我愿意的。现在余意未尽的,在于国家心存佛理,供奉佛法不吝惜费用,兴建寺庙,崇威壮丽,德行如果对得起佛教,运气就会延长。而后赵布政猛烈,滥用酷刑,明显违背圣贤的典型,暗中违背佛法戒律,不自己惩心改革,终究得不到佛福的保佑。如果放低心愿改变苛政之思路,对贫贱下民有所恩惠,则国运会延长,道人俗民都会庆祝有所依靠,那时我去世了,也就不会留下遗憾。石虎悲痛呜咽,知道竺佛图澄必定要辞世,就为他凿好墓穴,营造坟墓。到十二月八日,竺佛图澄圆寂于邺宫寺。这一年是晋穆帝永和四年(公元348年)。当官的和民众都哀号悲痛,举国奔丧。竺佛图澄寿至一百十七岁。墓的位置即石虎营建的,临漳西紫陌。